La Universidad Amawtay Wasi cuestionó la decisión del Consejo de Educación Superior de avanzar con su intervención tras analizar un informe en primer debate. La vicerrectora Cristina Benavides afirmó que el proceso careció de pruebas, argumentos y espacio para presentar descargos, lo que dejó a la institución en indefensión frente a una medida que afecta su funcionamiento académico.
La autoridad universitaria sostuvo que tampoco se garantizó el derecho a la defensa ni se consultó a las autoridades de la casa de estudios. Defendió la autonomía universitaria y el derecho de los pueblos y nacionalidades a una educación propia, al considerar que el caso puede sentar un precedente para otras universidades del país en medio de dificultades financieras.
